Giám đốc Ký túc xá: Chịu trách nhiệm toàn mặt về hoạt động của Trung tâm Quản lý Ký túc xá trước lãnh đạo ĐHQGTPHCM. Giúp việc cho Giám đốc là các Phó Giám đốc chịu trách nhiệm trong các mảng công tác chuyên môn.
Văn phòng Ký túc xá: Chịu trách nhiệm trước Ban Giám đốc về công tác tổ chức cán bộ, hành chính tổng hợp. Là đầu mối liên hệ công việc với các đơn vị trong và ngoài ĐHQGTPHCM.
Phòng Công tác Sinh viên: Tham mưu cho Ban Giám đốc về công tác tiếp nhận, bố trí và sắp xếp sinh viên vào ở Ký túc xá; chăm lo đời sống vật chất, văn hóa tinh thần cho sinh viên.
Phòng An ninh Sinh viên: Đảm bảo công tác an ninh trật tự, an ninh chính trị, an toàn con người, tài sản trong phạm vi Ký túc xá. Phối hợp với chính quyền các địa phương trong việc tuần tra, phòng chống tội phạm, tệ nạn xã hội tại Khu Đô thị ĐHQGTPHCM.
Phòng Văn hóa thông tin – Hỗ trợ sinh viên: Thực hiện công tác thông tin tuyên truyền, văn hóa tư tưởng. Tổ chức các sân chơi, câu lạc bộ, đội, nhóm sở thích, tạo môi trường tự rèn luyện cho sinh viên, tổ chức các loại hình dịch vụ, hoạt động văn hóa, văn nghệ, TDTT phục vụ sinh viên.
Phòng Quản trị - Thiết bị: Tham mưu cho Ban Giám đốc về công tác quy hoạch, xây dựng cơ bản, quản lý, sử dụng và sửa chữa cơ sở vật chất, trang thiết bị; vệ sinh môi trường, cảnh quan của Ký túc xá.
Phòng Kế hoạch - Tài chính: Tham mưu cho Ban Giám đốc về công tác kế hoạch tài chính, chế độ kế toán và quản lý sử dụng hiệu quả các nguồn tài chính; chịu trách nhiệm thu, trả các khoản lệ phí của sinh viên.
Trạm Y tế: Chịu trách nhiệm về công tác chăm sóc sức khoẻ, khám chữa bệnh cho sinh viên. Thực hiện công tác phòng chống dịch bệnh, kiểm tra, giám sát vệ sinh an toàn thực phẩm, vệ sinh môi trường trong Ký túc xá.
